Innerhalb seines Forschungsgebiets gilt Gärtners besonderes Interesse der Siedlungsarchäologie, der Sachkulturforschung und der Sepulkralkultur: „Ich erhalte Einblicke in die Alltagswelt des Mittelalters und der Neuzeit, die nur die Archäologie mit den im Bodenarchiv erhaltenen Überresten gewähren kann. Vor allem interessieren mich Siedlungsprozesse, etwa die Stadtwerdung im Mittelalter oder der Ausbau und die Entwicklung der Kulturlandschaft sowie die Entwicklung von Wohnkultur, Handwerk und Glaubensvorstellungen.“

Bereits im Sommersemester 2016 war der Archäologe als Vertretungsprofessor an der Universität Halle tätig. Hier schätzt er vor allem die guten Vernetzungsmöglichkeiten seines Fachgebiets zu den Nachbardisziplinen Kunstgeschichte und Geschichte: „So bietet sich eine hervorragende Basis zum Studium und zur Erforschung des Mittelalters auf interdisziplinärer Grundlage.“ Ein Schwerpunkt seiner zukünftigen Forschungen wird die Archäologie des Mittelalters und der Neuzeit in Sachsen-Anhalt und im weiteren nord- und mitteldeutschen Raum sein.

Gärtner promovierte im Jahr 2002 an der Universität Göttingen zum Thema „Die Wüstung Edingerode. Archäologische Untersuchungen auf dem Expogelände in Hannover“. Bis zu seinem Ruf nach Halle war er wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Universität Regensburg, wo er sich über „Quedlinburg im frühen und hohen Mittelalter“ habilitierte. Gärtner ist verheiratet und hat zwei Kinder.