Gunter S. Fischer forscht auf dem Gebiet der Proteinfaltung. Schon früh nutzte er die Kombination von bioorganischer Chemie und biokatalytischen Untersuchungen um submolekulare Vorgänge bei der Strukturierung von Proteinen aufzuklären. Dabei gelang es ihm erstmalig, enzymkatalysierte Faltungsprozesse bei der Strukturbildung von Proteinen nachzuweisen.

Fischer hat in Halle Chemie studiert, wurde hier promoviert und habilitierte sich am Institut für Biochemie. 1992 übernahm er zunächst eine Professur am Fachbereich Biochemie der Martin-Luther-Universität. Im Juni 1996 wurde er zum Leiter der Max-Planck-Forschungsstelle für Enzymologie der Proteinfaltung berufen. Im September 1998 konnte die Arbeitsgruppe dann ihre Räumlichkeiten im neu erbauten Biozentrum Halle beziehen. Neben Prof. Ulla Bonas ist der Biochemiker der einzige Leibniz-Preisträger der Martin-Luther-Universität.

Mit seinen Forschungsarbeiten zu den Mechanismen der Proteinfaltung leistet Fischer einen wichtigen Beitrag auch zum Verständnis von Krankheiten wie Morbus Alzheimer, chronischen Entzündungen und Parkinson. Denn dabei spielen fehlgefaltete Proteine eine maßgebliche Rolle. Das Ziel seiner Forschung formuliert Fischer daher auch wie folgt: „Je mehr wir über die molekularen und submolekularen Besonderheiten der Biokatalyse wissen, umso mehr wächst unsere Fähigkeit, pathophysiologische Zellprozesse durch metabolische Steuerung und Enzymengineering zu normalisieren.“